제약회사 연구원의 블로그

항암제 내성(resistance)은 결국 세포가 살아남기 위해 대사를 다시 짜는 과정으로 볼 수 있다.여기서 특히 자주 간과되는 영역이 “지질(lipid)”이다. 실제로 종양세포는 내성 획득 과정에서 세포막 구조와 신호전달, 에너지 대사를 전부 지질 기반으로 재구축하는데, 이 변화는 전사체나 단백질 레벨만 봐서는 잡아내기 어렵다.지금은 많은 제약사들이 glycolysis·TCA 중심의 central metabolism만 들여다보지만,정작 환자 샘플이나 resistant cell line을 LC-MS/MS로 lipidomics profiling 해보면내성 signature가 지질 조성 변화로 더 명확하게 드러나는 경우가 훨씬 많다.이 글에서는 다음 내용을 중심으로 서술해본다:왜 lipidomics가 내성 ..

LC-MS/MS와 고급 동위원소 대사 분석 기법으로 암세포의 ‘실시간 대사 흐름’을 읽어내는 방법1. 서론 – 왜 종양 대사 연구에서 ‘Flux(흐름)’이 중요한가암세포의 대사는 교과서적인 생화학 경로만으로는 설명할 수 없는 복잡한 유연성을 가진다.특정 경로가 억제되면 다른 우회 경로가 즉각적으로 활성화되고, 영양소 공급 환경이 바뀌면 마치 스위치를 바꾸듯 탄수화물·아미노산·지질 대사 흐름의 비중이 재조정된다.이런 특성 때문에 종양 대사를 이해할 때 흔히 범하는 실수가 하나 있다.정적 농도(concentration)만 보고 대사 흐름(activity)을 해석하려는 것대사체 농도는 그 자체로 중요한 정보이지만, 농도가 높다고 해서 해당 경로가 활발히 작동한다는 의미는 아니다.이는 생성속도, 분해속도, 반응..

– “단일 오믹스로는 절대 보이지 않는 신호들”1. 서론 – “독성은 한 지점에서 발현되지만, 원인은 네트워크 전체에서 시작된다”신약 개발 과정에서 가장 치명적인 리스크는 결국 “독성”이다.in vitro에서는 아무 문제 없던 화합물이 in vivo에서 갑자기 간독성을 보이고,임상에서는 환자 일부에서 예측 불가능한 부작용이 터진다.전통적인 방식은 특정 biomarker를 모니터링하거나PK profile에서 노출도(exposure)를 확인하는 수준이었다.하지만 독성이란 게 그렇게 단순하지 않다.독성은 대개 대사 경로의 무너짐(metabolic collapse)과단백체 수준에서의 기능적 붕괴(proteome disruption)가 복합적으로 일어나면서 나타난다.그래서 등장하는 접근이 바로 Proteomics..

LC-MS/MS 기반 kinetic profiling 전략1. 서론 – “Metabolite는 순간의 흔적이 아니라, 반응의 방향이다”신약 후보 물질이 체내에서 어떻게 대사되는지를 이해하는 건 단순한 독성 예측의 문제가 아니다.대사체는 단순히 ‘분해 산물’이 아니라, 시간과 효소의 상호작용이 남긴 흔적이다.즉, metabolite profiling은 정적인 스냅샷이 아니라 동적인 경로 해석 도구다.그래서 최근 약물 분석 분야에서는 untargeted metabolomics보다targeted LC-MS/MS 기반 kinetic profiling이 주목받고 있다.Targeted metabolomics는 미리 정의된 대사체(예: parent drug, Phase I/II metabolite)를정량적 preci..

– LC-MS/MS 기반 대사체 데이터에서 precision dosing으로1. 서론 – “모든 환자에게 같은 용량은, 더 이상 과학이 아니다”임상시험에서 같은 용량의 약물을 투여해도,누군가는 극적인 치료 효과를 보이고 누군가는 부작용으로 고생한다.이건 단순한 PK variability(약물 농도의 차이)가 아니다.환자 개개인의 대사체 프로파일(metabolic phenotype)이 다르기 때문이다.그래서 등장한 개념이 바로 Pharmacometabolomics —약물 반응을 ‘유전자(genotype)’가 아닌 ‘대사체(metabolome)’ 수준에서 해석하려는 접근이다.즉, 약물이 체내에 들어가 ‘어떻게 작용했는가’가 아니라,‘그 약물을 맞이한 신체의 대사 환경이 어떤 상태였는가’를 기반으로반응성(re..

1. 서론 – “stability는 검증의 마지막 단계가 아니라, method의 일상 테스트다”Bioanalytical validation에서 stability 항목은 흔히 ‘마지막 단계’로 다뤄진다.정확도, 정밀도, 회수율, selectivity, carry-over 등 주요 항목이 끝나면마지막으로 bench-top, autosampler, extract, freeze-thaw stability를 수행하는 식이다.하지만 실제 분석팀 관점에서 보면 stability는“마지막에 검증하는 항목”이 아니라,“매일 반복되는 분석의 신뢰도를 증명하는 테스트”다.특히 extract stability와 bench-top stability는시료 전처리 및 보관 환경의 미세한 차이가 결과를 완전히 바꿔버릴 수 있다.즉,..

1. 서론 – “Validation은 규제 대응이 아니라, 데이터의 품질 선언이다”바이오분석(bioanalysis) 업계에 오래 있다 보면 공통된 진실 하나를 마주한다.정량분석에서 가장 무서운 건 장비가 아니다. 불완전한 validation이다.심지어 분석 자체보다 validation 문서를 준비하는 시간이 길다.이유는 명확하다. LC-MS/MS 데이터는 곧 임상 개발의 생명줄이기 때문이다.특히 ICH M10 가이드라인이 본격 적용되면서전 세계적으로 bioanal validation 기준이 정돈되고 강화됐다.미국 FDA, EMA, PMDA, MFDS까지 모두 이 틀을 공유한다.말 그대로, 이제는 “대충 검증해서 넘어가는 시대”가 끝났다.국내 분석팀도 이 흐름 위에 서 있다.실험실 한쪽에서는 plasma ..

1. 서론 – “칼럼은 소모품이 아니라, 데이터의 신뢰성을 좌우하는 생체 기관이다”LC-MS/MS 분석을 하다 보면 누구나 한 번쯤 이런 경험을 한다.“어제까지 retention time(RT)이 3.2분이었는데, 오늘은 3.5분으로 밀렸다.”칼럼이 깨진 것도 아니고, mobile phase도 그대로인데 왜 이런 일이 벌어질까?그 이유는 단순하다.Column은 시간이 지남에 따라 노화(aging)한다.즉, stationary phase의 화학적 특성과 표면 활성도가 변하면서분리(selectivity)와 보유(retention)가 서서히 달라지는 것이다.이 현상은 단순히 RT shift에 그치지 않는다.정량 분석에서는 calibration curve의 slope가 미묘하게 변하고,MRM transition..