제약회사 연구원의 블로그

— 우리는 농도를 측정하는 것이 아니라 ‘경쟁의 결과’를 보고 있다metabolomics 데이터를 처음 해석할 때, 대부분 이렇게 생각한다.“이 피크는 이 metabolite의 농도를 반영한다.”이 문장은 틀린 말은 아니다.하지만 정확한 말도 아니다.조금 더 솔직하게 말하면, 우리가 LC-MS에서 보고 있는 신호는순수한 농도 값이 아니라, 수많은 화합물 사이의 경쟁 결과다.그리고 그 경쟁의 중심에는 항상 하나의 현상이 있다.바로 ion suppression이다.이 현상은 단순히 “신호가 줄어든다”는 수준의 문제가 아니다.더 본질적인 문제는 이것이다.ion suppression은 metabolite의 상대적 관계를 왜곡하고,그 결과 pathway 해석 자체를 바꿔버린다.1. Ion suppression은 ..

LC-MS/MS 분석이 흔들리는 진짜 이유를 다루는 방법1. Matrix effect는 늘 알고 있었지만, 늘 뒤로 밀려났다LC-MS/MS를 처음 배울 때Matrix effect는 항상 이렇게 등장한다.ion suppression / enhancementpost-column infusionmatrix factor 계산IS 보정교과서적으로는 완벽하다.하지만 실험실에서는 이상한 일이 반복된다.Validation에서는 문제 없던 method가실제 샘플이 쌓이기 시작하면어느 순간부터 결과가 흔들린다QC fail이 나고,IS response가 이상해지고,분석가는 이렇게 말한다.“이거… matrix effect 같은데요.”하지만 그 말은대부분 그 자리에서 끝난다.2. 왜 Matrix effect는 항상 “사후 설명..

– IS 선택부터 Matrix Effect, Validation Trouble Shooting까지“SOP에 나오지 않는 판단의 영역을 해부하다”Bioanalysis 업무를 오래 해본 사람일수록 공감하는 사실이 하나 있다.문제의 80%는 SOP 바깥에서 발생한다는 점이다.SOP에는 internal standard를 사용하라고 적혀 있지만👉 어떤 IS가 ‘좋은’ IS인지에 대한 답은 없다가이드라인에는 matrix effect를 평가하라고 되어 있지만👉 어디까지 허용 가능한지에 대한 감각은 사람마다 다르다validation 항목은 명확하지만👉 실패했을 때 “왜” 실패했는지는 아무도 자세히 써주지 않는다그래서 이 시리즈의 목적은 분명하다.“Bioanalysis를 ‘절차’가 아니라 ‘판단의 학문’으로 다시 ..

1. 서론 – “전처리(pre-treatment)가 모든 정량의 시작이다”LC-MS/MS 기반 생체시료 분석에서 가장 많은 시간을 투자하는 단계는 무엇일까?분석 장비 튜닝도, gradient 설정도 아니다. 바로 시료 전처리(sample preparation)다.어떤 전처리 방식을 택하느냐에 따라 matrix effect가 달라지고,이는 곧 정량 정확도(accuracy)와 재현성(precision)의 차이로 이어진다.즉, “SPE vs LLE”의 선택은 단순한 실험 효율의 문제가 아니라데이터의 신뢰성(reliability)과 규제 적합성(regulatory compliance)을 좌우하는 핵심 결정이다. 2. 전처리의 목적: 깨끗한 시료, 정확한 이온화LC-MS/MS의 이온화 과정(특히 ESI mode)..

서론: Matrix Effect, 무시할 수 없는 변수 LC-MS/MS는 의약품 정량 분석에서 가장 널리 사용되는 기술 중 하나로, 특히 생체시료(혈장, 혈청, 뇌척수액 등) 내 극미량 약물의 정밀 정량에 탁월한 성능을 보여준다. 그러나 분석의 정확성과 신뢰도를 위협하는 대표적인 장애 요인 중 하나가 바로 Matrix Effect이다. 시료 내 다양한 내재 물질들이 분석 과정에서 이온화 효율에 영향을 미치며, 결과적으로 신호 증강 혹은 신호 억제가 발생할 수 있다.Matrix Effect는 단순히 실험 오차의 원인을 넘어, 허위 음성(false negative) 또는 허위 양성(false positive) 결과로 이어질 수 있으며, 이는 규제기관의 자료 반려 및 임상 실패로 이어질 수 있는 심각한 문제로..