제약회사 연구원의 블로그

같은 혈장 샘플을 두 번 분석했는데feature 수가 달라지고, PCA 위치가 바뀌고,심지어 주요 metabolite의 상대적 abundance까지 달라지는 경험.이때 가장 먼저 떠오르는 질문은 이것입니다.무엇이 바뀌었는가?놀랍게도, 표면적으로는 아무것도 바뀌지 않은 것처럼 보입니다.같은 샘플같은 LC 조건같은 MS 설정QC도 정상그럼에도 결과는 달라집니다.이 현상을 이해하려면“샘플”이라는 단어를 다시 정의해야 합니다.1️⃣ 샘플은 고정된 물질이 아니라 ‘변하는 시스템’이다우리는 종종 샘플을 정적인 대상으로 생각합니다.하지만 실제 생물학적 샘플은 시간에 따라 변합니다.보관 중에도 대사 반응은 계속된다냉동 보관 중이라도 완전히 멈추는 것은 아닙니다.효소 잔존 활성산화 반응미생물 대사 (특히 stool, u..

시스템이 아니라 ‘판단 구조’를 자동화하려 한 순간부터 무너진다1️⃣ QC를 ‘계산 문제’로 착각한다QC 자동화 실패 조직의 첫 번째 공통점은 이거다.“QC는 기준만 정해두면 자동으로 판별된다.”그래서 이 조직들은:accuracy ±15%precision CV ≤15%LLOQ ±20%같은 숫자 조건만 코드로 옮기면 끝이라고 생각한다.하지만 실제 QC는:숫자 + 맥락기준 + 배경계산 + 해석예를 들어:동일한 CV 14%라도intra-run 초반 drift인지batch 후반 matrix build-up인지single point outlier인지의미가 완전히 다르다.👉 숫자만 자동화한 조직은 QC를 자동화한 게 아니라, QC를 단순화해 버린 것이다.2️⃣ ‘판단’을 코드 안에 숨긴다실패 조직의 두 번째 특징..

규정을 만족시키는 것이 아니라, 분석을 망치지 않는 구현LC-MS 분석실에서“Part 11 대응은 다 되어 있나요?”라는 질문이 나오면대부분 이렇게 답한다.“Vendor software에서 다 지원합니다.”그리고 audit에서 바로 다음 질문이 나온다.“그럼 실제로 어떻게 운영하고 있습니까?”이 두 질문 사이에 존재하는 간극이바로 Part 11 실패의 시작점이다.1️⃣ LC-MS에서 Part 11이 어려운 진짜 이유21 CFR Part 11의 요구사항은 문장만 보면 단순하다.electronic record의 신뢰성변경 불가성추적 가능성전자 서명의 진정성문제는 LC-MS 데이터가 가진 현실적인 특성이다.raw data 용량 큼재분석(reprocessing)이 빈번함integration 조정이 필수적임장비별..

질문이 아니라 ‘판단’에 가까운 말들Bioanalytical audit에서 reviewer는 대부분 정중하다.목소리를 높이지도 않고,직접적으로 “이건 문제다”라고 말하지도 않는다.하지만 어떤 문장이 나오면,그 순간 분석팀은 본능적으로 느낀다.“아, 이건 그냥 질문이 아니구나.”Audit에서 반복적으로 등장하는 코멘트들은대부분 정보 요청처럼 보이지만,실제로는 이미 리스크를 전제로 한 판단 문장에 가깝다.1️⃣ “Can you explain how you determined this result was acceptable?”이 문장은Audit에서 가장 흔하면서도 가장 치명적인 질문이다.표면적으로는 단순하다.결과는 기준을 만족QC도 pass그런데 reviewer가 묻는다“왜 acceptable하다고 판단했습니..

1. LLOQ는 ‘가장 낮은 농도’가 아니라 ‘가장 불안정한 지점’이다우리는 LLOQ를 흔히 이렇게 정의한다.S/N ≥ 10accuracy, precision 허용 범위 충족그래서 LLOQ는“기술적으로 가능한 가장 낮은 농도”처럼 느껴진다.하지만 실제 분석에서 LLOQ는시스템이 가장 불안정해지는 경계선이다.noise와 signal의 경계linearity가 무너지기 직전matrix effect가 가장 과장되는 구간즉,LLOQ는 정량의 시작점이 아니라정량이 붕괴되기 직전의 마지막 지점이다.2. “어제는 됐는데 오늘은 안 됩니다”의 정체Low LLOQ 분석에서가장 자주 듣는 말이다.“어제 batch에서는 잘 나왔는데요…”이 말이 반복된다는 건분석 조건이 unstable하다는 뜻이 아니다.오히려,분석 조건이 너..

slope drift의 숨은 원인들1. “이번 배치는 slope가 좀 다르네요”라는 말의 정체LC-MS/MS 분석 회의에서가장 자주, 가장 가볍게 나오는 말 중 하나가 이것이다.“이번 배치는 slope가 조금 다르네요.”그리고 보통 이렇게 이어진다.R²는 괜찮음back-calculated accuracy도 허용 범위QC도 통과그래서 결론은 늘 같다.“사용에는 문제 없습니다.”하지만 여기서 놓치는 사실이 있다.slope가 바뀌었다는 건, 이미 시스템이 바뀌었다는 신호라는 점이다.2. Calibration curve는 ‘선’이 아니라 ‘시스템의 지문’이다우리는 calibration curve를종종 단순히 이렇게 생각한다.농도 vs response의 직선정량을 위한 수학적 도구하지만 실제로 calibratio..

IS가 있는데도 결과가 무너지는 이유1. “IS는 문제없는데요?”라는 말이 가장 위험하다LC-MS/MS 분석에서결과가 흔들릴 때가장 먼저 확인하는 것은 거의 항상 이것이다.IS peak 있음RT 정상area도 큰 문제 없어 보임그리고 이렇게 결론이 내려진다.“IS는 정상입니다.”이 문장은안심을 주는 말처럼 들리지만,실제로는 가장 많은 문제를 숨긴다.2. IS가 있다는 사실과, IS가 ‘작동한다’는 것은 다르다우리는 종종IS를 이렇게 생각한다.넣어두면 자동으로 보정해주는 장치있으면 matrix effect도, loss도 해결됨하지만 IS는존재만으로는 아무것도 보정하지 않는다.IS가 보정 역할을 하려면아주 까다로운 조건이 충족되어야 한다.3. IS 보정이 성립하는 전제 조건IS가 제대로 작동하려면분석 시스템..

– 시스템보다 먼저 바뀌어야 할 것은 사람과 구조다1. Lab digital transformation은 왜 항상 ‘툴 도입’에서 멈추는가대부분의 제약사는Lab digital transformation을 이렇게 시작한다.LIMS 도입ELN 전환자동화 장비 연계데이터 서버 이전초기에는 모두가 “이제 디지털 전환이 시작됐다”고 말한다.하지만 1~2년이 지나면현장에서는 이런 말이 나온다.“시스템은 있는데,실제로 쓰는 사람은 없다.”이유는 단순하다.조직과 인력 설계가 바뀌지 않았기 때문이다.2. Lab digital transformation의 본질: ‘업무의 재정의’Digital transformation의 핵심은기존 업무를 전산화하는 게 아니다.무엇을 사람이 해야 하고,무엇을 시스템이 해야 하는지를 다시 나..