제약회사 연구원의 블로그

— 더 빨리 본다는 것은 더 많이 보는 것이 아니라, 다른 것을 보게 되는 일이다처음 LC-MS 데이터를 다루다 보면scan speed는 그렇게 중요해 보이지 않는다.resolution이나 mass accuracy처럼눈에 보이는 성능 지표도 아니고,설정값도 상대적으로 단순해 보인다.그래서 많은 경우이건 그냥 기본값으로 두고 넘어간다.하지만 어느 순간부터이 변수의 존재가 드러나기 시작한다.같은 샘플인데 peptide 수가 달라지고어떤 run에서는 보이던 것이 다른 run에서는 사라지고replicate 간 변동이 설명되지 않는다이쯤 되면 자연스럽게샘플이나 장비를 의심하게 된다.하지만 조금 더 자세히 보면문제는 전혀 다른 곳에 있다.👉 얼마나 빨리 스캔했는가LC peak는 기다려주지 않는다LC-MS에서 가장..

— 우리는 다른 방식으로 측정하는 게 아니라, 다른 방식으로 ‘선택’하고 있다처음 proteomics 데이터를 접하면DDA와 DIA는 단순히 두 가지 acquisition 방식처럼 보인다.DDA는 기존 방식DIA는 더 발전된 방식그래서 자연스럽게 이렇게 생각하게 된다.“둘 다 같은 샘플을 분석하는 거니까결과는 비슷해야 하지 않을까?”하지만 실제로 데이터를 비교해보면이 기대는 쉽게 무너진다.같은 샘플인데도검출되는 단백질 수가 다르고특정 pathway는 한쪽에서만 보이고differential expression 결과까지 달라진다이건 단순한 기술적 차이가 아니다.👉 데이터를 만들어내는 방식 자체가 다르기 때문이다출발점부터 다르다: “무엇을 볼 것인가”DDA와 DIA의 가장 큰 차이는측정 방식이 아니라👉 무..

— 더 선명하게 볼 것인가, 더 많이 포착할 것인가, 그리고 언제 무엇을 포기해야 하는가LC-MS를 처음 다루기 시작하면대부분은 장비 스펙을 먼저 보게 된다.resolution, scan rate, sensitivity…숫자가 크고 높을수록 더 좋아 보인다.특히 resolution은 직관적이다.“더 잘 구분해준다”는 설명만으로도 충분히 매력적이다.그래서 자연스럽게 이렇게 생각한다.“가능하면 resolution을 최대한 높여서 쓰는 게 맞지 않을까?”실제로 많은 초보 method는 그렇게 시작된다.그리고 몇 번의 분석을 거치면서이 생각이 서서히 흔들리기 시작한다.분명 더 좋은 조건이라고 생각했는데protein 수가 줄어들고peptide가 사라지고chromatogram이 어딘가 이상하다이상하다는 느낌은 분명..

— 더 선명하게 보는 것이 항상 더 정확한 것은 아닌 이유처음 장비 스펙을 볼 때많은 사람들이 자연스럽게 이렇게 생각합니다.“resolution이 높을수록 좋은 거 아닌가?”이건 틀린 말은 아닙니다.실제로 높은 resolution은 분명히 장점이 많습니다.peak를 더 잘 구분할 수 있고질량 정확도가 올라가고interference를 줄일 수 있습니다그래서 자연스럽게 이어집니다.“그럼 identification도 더 정확해지겠네”여기까지는 맞습니다.하지만 실제 데이터를 다뤄보면조금 다른 경험을 하게 됩니다.같은 샘플인데resolution을 높였더니 protein 수가 줄어들기도 하고반대로 늘어나기도 하고특정 peptide는 아예 사라지기도 합니다이건 단순한 성능 향상의 문제가 아닙니다.👉 무엇을 볼 수 ..

— 같은 시간에 나온다는 이유만으로, 어떤 신호는 사라지고 어떤 신호는 과장된다데이터를 보다 보면이상한 패턴을 만나는 순간이 있다.어떤 peptide는 항상 값이 낮고어떤 peptide는 특정 조건에서만 갑자기 튀고replicate 간 변동이 유독 큰 구간이 있다처음에는 이렇게 생각한다.“샘플 준비 문제인가?”“기기 상태가 불안정한가?”하지만 chromatogram을 자세히 보면공통된 특징이 하나 보인다.👉 피크들이 겹쳐 있다이때부터 문제는 명확해진다.Co-elutionCo-elution은 단순한 ‘분리 실패’가 아니다많은 사람들이 co-elution을이렇게 생각한다.“LC 분리가 덜 된 상태”그래서 해결책도 단순하다.gradient 늘리기column 바꾸기하지만 실제 문제는그보다 훨씬 깊다.Co-el..

— 우리는 농도를 측정하는 걸까, 아니면 경쟁에서 살아남은 신호를 보고 있는 걸까데이터를 보다 보면 이런 순간이 온다.같은 샘플인데 intensity가 다르고replicate 간 변동이 예상보다 크고어떤 peptide는 갑자기 사라진다처음에는 이렇게 생각한다.“기기가 불안정한가?”“샘플 준비가 잘못됐나?”하지만 반복해서 보면이상한 패턴이 하나 보이기 시작한다.👉 특정 peptide들이 항상 같이 흔들린다이 순간부터문제는 다른 방향을 가리킨다.Ion suppressionion suppression은 ‘오류’가 아니라 ‘기본 동작’이다많은 사람들이 ion suppression을예외적인 문제처럼 생각한다.하지만 실제로는 그렇지 않다.ESI 기반 LC-MS에서는👉 ion suppression은 항상 존재한다..

— 우리는 같은 샘플을 분석하는 걸까, 아니면 다른 샘플을 만들어내고 있는 걸까처음에는 단순한 의도로 시작한다.“gradient를 조금만 바꿔보자”60분 → 90분shallow → steepstarting %B 약간 조정이건 흔한 최적화 과정이다.오히려 당연한 단계다.그런데 결과를 보고 나면생각보다 당황하게 된다.검출되는 단백질 수가 달라지고peptide 패턴이 바뀌고differential expression 결과까지 달라진다이 순간 질문이 생긴다.“같은 샘플인데 왜 결과가 바뀌는 걸까?”LC gradient는 단순한 분리 조건이 아니다많은 사람들이 LC gradient를이렇게 생각한다.“분리를 조금 더 잘하기 위한 설정”하지만 실제로는 훨씬 더 큰 역할을 한다.LC gradient는어떤 peptide가..

— 우리가 보고 있는 것은 단백질이 아니라, 단백질의 ‘조각’이다처음 proteomics 데이터를 접하면자연스럽게 이렇게 생각하게 된다.“이건 단백질 데이터다”리스트에는 단백질 이름이 있고,각각의 abundance 값이 있고,그 변화가 정리되어 있다.그래서 해석도 자연스럽게 이어진다.이 단백질이 증가했다이 단백질이 감소했다이건 너무 당연한 흐름이라대부분 의심하지 않는다.하지만 proteomics를 조금 더 깊이 들여다보면이 전제가 얼마나 위험한지 보이기 시작한다.우리는 단백질을 직접 측정하지 않는다LC-MS 기반 proteomics에서실제로 측정하는 것은 단백질이 아니다.우리는trypsin으로 단백질을 잘라서peptide를 만들고그 peptide의 signal을 측정한다즉,proteomics는 prote..