Shotgun Proteomics에서 재현성이 무너지는 진짜 이유
1. Shotgun proteomics의 기본 구조: 재현성에 불리한 설계Shotgun proteomics는 일반적으로 다음 workflow를 따른다:단백질 추출효소 소화 (trypsin digestion)LC-MS/MS 분석 (DDA)peptide identificationprotein inference정량 분석이 과정의 핵심 문제는 데이터 획득 방식(DDA) 에 있다.2. 근본 원인 1: DDA의 확률적(stochastic) 샘플링DDA(Data-Dependent Acquisition)의 작동 방식MS1에서 강한 precursor ion 선택상위 N개 이온만 MS/MS 수행즉, 기기는 매 스캔마다 “가장 강한 신호”만 선택한다.왜 이것이 재현성을 깨는가같은 샘플이라도:미세한 noise 차이이온화 효율..
제약산업
2026. 3. 10. 20:40
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