Protein inference 문제의 본질
Proteomics에서 우리가 실제로 보는 것은 단백질일까, 아니면 peptide 패턴일까Proteomics를 처음 배우는 사람들은 대개 이렇게 생각한다.Mass spectrometry로 단백질을 측정하고, 어떤 단백질이 증가했는지 확인한 뒤 biology를 해석한다고.논문도 대부분 그렇게 보인다. Volcano plot에는 protein name이 적혀 있고, pathway enrichment 역시 protein list 기반으로 진행된다. 그래서 자연스럽게 “이 데이터는 단백질 abundance를 직접 보여주는구나”라고 받아들이게 된다.하지만 raw data를 오래 보다 보면 어느 순간 이상한 경험을 하게 된다.같은 protein인데 peptide마다 abundance 방향이 다르다. 어떤 pepti..
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2026. 5. 29. 20:11
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