Digestion 효율이 quantification에 미치는 영향
같은 단백질인데 왜 trypsin 상태 하나로 abundance가 달라질까Proteomics 데이터를 해석하다 보면 어느 순간부터 이상한 패턴이 눈에 들어오기 시작한다. 분명 biological replicate인데 특정 protein의 abundance만 유독 흔들리거나, 어떤 peptide는 consistently 낮게 검출되며, 특정 sample group에서만 fold change가 과장되어 나타나는 경우다. 처음에는 instrument variability를 의심하게 된다. LC gradient가 흔들렸나, spray stability에 문제가 있었나, ion suppression이 발생했나 같은 생각부터 하게 된다.하지만 raw peptide level 데이터를 계속 들여다보다 보면 문제는 의..
제약산업
2026. 5. 16. 20:14
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