제약회사 연구원의 블로그

냉동 보관만 했을 뿐인데 proteomics 결과가 달라지는 이유Proteomics 실험을 하다 보면 freeze-thaw는 너무 익숙한 과정이 된다. 샘플을 수집한 뒤 바로 분석하지 못하는 경우가 대부분이기 때문에 일단 -80℃에 보관하고, 분석할 때 다시 꺼내 thawing한 뒤 사용한다. 임상 샘플은 물론이고 cell lysate, tissue homogenate, plasma, serum까지 거의 모든 proteomics workflow에서 freeze-thaw는 자연스럽게 반복된다.그래서 많은 연구자들은 freeze-thaw를 단순한 보관 과정 정도로 생각한다. 얼렸다가 녹이는 과정일 뿐이며, 단백질 자체는 대부분 안정적으로 유지될 것이라고 믿는다. 실제 논문에서도 “samples were st..

— 우리는 같은 샘플을 분석하는 걸까, 아니면 다른 샘플을 만들어내고 있는 걸까처음에는 단순한 의도로 시작한다.“gradient를 조금만 바꿔보자”60분 → 90분shallow → steepstarting %B 약간 조정이건 흔한 최적화 과정이다.오히려 당연한 단계다.그런데 결과를 보고 나면생각보다 당황하게 된다.검출되는 단백질 수가 달라지고peptide 패턴이 바뀌고differential expression 결과까지 달라진다이 순간 질문이 생긴다.“같은 샘플인데 왜 결과가 바뀌는 걸까?”LC gradient는 단순한 분리 조건이 아니다많은 사람들이 LC gradient를이렇게 생각한다.“분리를 조금 더 잘하기 위한 설정”하지만 실제로는 훨씬 더 큰 역할을 한다.LC gradient는어떤 peptide가..