제약회사 연구원의 블로그

인간을 분석하는 시대에서 인간을 시뮬레이션하는 시대로불과 20년 전만 해도 생명과학 연구의 목표는 비교적 단순했다.질병이 발생한 이유를 찾고,관련 유전자를 발견하고,중요한 단백질을 규명하는 것이 연구의 핵심이었다.그 당시의 연구는 기본적으로 관찰(observation)에 기반했다.환자를 측정하고,세포를 분석하고,데이터를 수집한 뒤,그 안에서 의미를 찾는 방식이었다.하지만 최근 들어 생명과학 분야에서는 조금 다른 질문이 등장하고 있다."우리는 단순히 관찰하는 것을 넘어 예측할 수 있을까?""실제 환자를 대상으로 치료를 시도하기 전에 컴퓨터 안에서 먼저 실험할 수는 없을까?""한 사람의 생물학적 상태를 디지털 공간에 복제할 수는 없을까?"이 질문에서 등장한 개념이 바로 Digital Twin이다.원래 Dig..

냉동 보관만 했을 뿐인데 proteomics 결과가 달라지는 이유Proteomics 실험을 하다 보면 freeze-thaw는 너무 익숙한 과정이 된다. 샘플을 수집한 뒤 바로 분석하지 못하는 경우가 대부분이기 때문에 일단 -80℃에 보관하고, 분석할 때 다시 꺼내 thawing한 뒤 사용한다. 임상 샘플은 물론이고 cell lysate, tissue homogenate, plasma, serum까지 거의 모든 proteomics workflow에서 freeze-thaw는 자연스럽게 반복된다.그래서 많은 연구자들은 freeze-thaw를 단순한 보관 과정 정도로 생각한다. 얼렸다가 녹이는 과정일 뿐이며, 단백질 자체는 대부분 안정적으로 유지될 것이라고 믿는다. 실제 논문에서도 “samples were st..

— 우리는 같은 샘플을 분석하는 걸까, 아니면 다른 샘플을 만들어내고 있는 걸까처음에는 단순한 의도로 시작한다.“gradient를 조금만 바꿔보자”60분 → 90분shallow → steepstarting %B 약간 조정이건 흔한 최적화 과정이다.오히려 당연한 단계다.그런데 결과를 보고 나면생각보다 당황하게 된다.검출되는 단백질 수가 달라지고peptide 패턴이 바뀌고differential expression 결과까지 달라진다이 순간 질문이 생긴다.“같은 샘플인데 왜 결과가 바뀌는 걸까?”LC gradient는 단순한 분리 조건이 아니다많은 사람들이 LC gradient를이렇게 생각한다.“분리를 조금 더 잘하기 위한 설정”하지만 실제로는 훨씬 더 큰 역할을 한다.LC gradient는어떤 peptide가..