제약회사 연구원의 블로그

— 우리는 펩타이드를 보는 것이 아니라, 부서진 조각을 해석하고 있다proteomics 데이터를 처음 접하면대부분은 이렇게 생각한다.“MS1에서 peptide를 잡고,MS/MS에서 확인하면 되는 거 아닌가?”이 말은 틀린 건 아니다.하지만 중요한 한 단계가 빠져 있다.👉 그 peptide는 우리가 직접 보는 것이 아니라,부서진 조각을 통해 ‘추론’하는 것이라는 점이다.그리고 그 조각을 어떻게 부수느냐가바로 fragmentation 조건이다.우리는 ‘존재’를 보는 것이 아니라 ‘패턴’을 본다MS/MS에서 얻는 것은완전한 구조 정보가 아니다.b-iony-ion일부 중성 손실noise이런 조각들이 섞인 스펙트럼이다.search algorithm은이 패턴을 보고👉 “이 peptide일 가능성이 높다”라고 판..

— 더 많이 보기 위한 장치가, 오히려 덜 보게 만드는 순간처음 DDA method를 세팅할 때dynamic exclusion은 거의 당연한 옵션처럼 들어간다.설명도 단순하다.“이미 선택된 precursor를 일정 시간 동안 제외해서더 다양한 peptide를 보게 해준다”이론적으로는 완벽해 보인다.같은 것만 반복해서 분석하는 비효율을 줄이고,coverage를 넓혀준다.그래서 대부분의 경우별 고민 없이 기본값을 사용하거나조금 늘리거나 줄이는 정도로 끝난다.그런데 데이터를 몇 번 반복해서 보다 보면이 설정이 단순한 효율 문제가 아니라결과 자체를 바꾸고 있다는 느낌이 들기 시작한다.어떤 peptide는 항상 보이는데어떤 peptide는 run마다 사라지고특정 단백질은 예상보다 과소평가된다이쯤 되면 질문이 생긴..

— 더 빨리 본다는 것은 더 많이 보는 것이 아니라, 다른 것을 보게 되는 일이다처음 LC-MS 데이터를 다루다 보면scan speed는 그렇게 중요해 보이지 않는다.resolution이나 mass accuracy처럼눈에 보이는 성능 지표도 아니고,설정값도 상대적으로 단순해 보인다.그래서 많은 경우이건 그냥 기본값으로 두고 넘어간다.하지만 어느 순간부터이 변수의 존재가 드러나기 시작한다.같은 샘플인데 peptide 수가 달라지고어떤 run에서는 보이던 것이 다른 run에서는 사라지고replicate 간 변동이 설명되지 않는다이쯤 되면 자연스럽게샘플이나 장비를 의심하게 된다.하지만 조금 더 자세히 보면문제는 전혀 다른 곳에 있다.👉 얼마나 빨리 스캔했는가LC peak는 기다려주지 않는다LC-MS에서 가장..