제약회사 연구원의 블로그

— 우리는 단백질을 보고 있는가, 아니면 시스템이 보여주는 일부를 해석하고 있는가처음 proteomics 데이터를 접하면이렇게 생각하기 쉽다.“이건 단백질의 목록이다”검출된 단백질 리스트,각각의 abundance 값,그리고 그 변화.모든 것이 명확해 보인다.그래서 자연스럽게 이렇게 이어진다.검출되었다 → 존재한다검출되지 않았다 → 없다이건 너무 직관적이라의심하지 않게 된다.하지만 이 전제는proteomics에서 가장 위험한 착각 중 하나다.우리는 ‘존재’를 측정하지 않는다proteomics에서 우리가 실제로 측정하는 것은단백질 그 자체가 아니다.우리는peptide fragmention signaldetector response를 측정한다.그리고 그 신호를 기반으로단백질의 존재를 “추론”한다.즉,prote..

“전처리는 기술이 아니라 전략이다”LC-MS/MS 기반 bioanalysis에서sample preparation은 흔히 이렇게 취급된다.“이미 정해진 루틴”“분석 전에 그냥 거치는 단계”“LC-MS 조건이 더 중요하다”그러나 실제 프로젝트 경험이 쌓일수록분석팀은 한 가지 사실을 뼈저리게 느낀다.문제가 생기는 지점의 70% 이상은LC나 MS가 아니라 sample preparation이다.Protein precipitation(PPT),Solid-phase extraction(SPE),Liquid–liquid extraction(LLE).이 세 가지 전처리 기법은교과서적으로는 장단점이 명확해 보이지만,실제 현장에서는 분석 목적에 따라 평가 기준이 완전히 달라진다.이 글에서는“어떤 전처리가 가장 좋은가?”가 ..