제약회사 연구원의 블로그

— 더 빨리 본다는 것은 더 많이 보는 것이 아니라, 다른 것을 보게 되는 일이다처음 LC-MS 데이터를 다루다 보면scan speed는 그렇게 중요해 보이지 않는다.resolution이나 mass accuracy처럼눈에 보이는 성능 지표도 아니고,설정값도 상대적으로 단순해 보인다.그래서 많은 경우이건 그냥 기본값으로 두고 넘어간다.하지만 어느 순간부터이 변수의 존재가 드러나기 시작한다.같은 샘플인데 peptide 수가 달라지고어떤 run에서는 보이던 것이 다른 run에서는 사라지고replicate 간 변동이 설명되지 않는다이쯤 되면 자연스럽게샘플이나 장비를 의심하게 된다.하지만 조금 더 자세히 보면문제는 전혀 다른 곳에 있다.👉 얼마나 빨리 스캔했는가LC peak는 기다려주지 않는다LC-MS에서 가장..

— 더 선명하게 볼 것인가, 더 많이 포착할 것인가, 그리고 언제 무엇을 포기해야 하는가LC-MS를 처음 다루기 시작하면대부분은 장비 스펙을 먼저 보게 된다.resolution, scan rate, sensitivity…숫자가 크고 높을수록 더 좋아 보인다.특히 resolution은 직관적이다.“더 잘 구분해준다”는 설명만으로도 충분히 매력적이다.그래서 자연스럽게 이렇게 생각한다.“가능하면 resolution을 최대한 높여서 쓰는 게 맞지 않을까?”실제로 많은 초보 method는 그렇게 시작된다.그리고 몇 번의 분석을 거치면서이 생각이 서서히 흔들리기 시작한다.분명 더 좋은 조건이라고 생각했는데protein 수가 줄어들고peptide가 사라지고chromatogram이 어딘가 이상하다이상하다는 느낌은 분명..