제약회사 연구원의 블로그

— 우리는 농도를 측정하는 걸까, 아니면 경쟁에서 살아남은 신호를 보고 있는 걸까데이터를 보다 보면 이런 순간이 온다.같은 샘플인데 intensity가 다르고replicate 간 변동이 예상보다 크고어떤 peptide는 갑자기 사라진다처음에는 이렇게 생각한다.“기기가 불안정한가?”“샘플 준비가 잘못됐나?”하지만 반복해서 보면이상한 패턴이 하나 보이기 시작한다.👉 특정 peptide들이 항상 같이 흔들린다이 순간부터문제는 다른 방향을 가리킨다.Ion suppressionion suppression은 ‘오류’가 아니라 ‘기본 동작’이다많은 사람들이 ion suppression을예외적인 문제처럼 생각한다.하지만 실제로는 그렇지 않다.ESI 기반 LC-MS에서는👉 ion suppression은 항상 존재한다..

— 우리는 단백질을 보고 있는가, 아니면 시스템이 보여주는 일부를 해석하고 있는가처음 proteomics 데이터를 접하면이렇게 생각하기 쉽다.“이건 단백질의 목록이다”검출된 단백질 리스트,각각의 abundance 값,그리고 그 변화.모든 것이 명확해 보인다.그래서 자연스럽게 이렇게 이어진다.검출되었다 → 존재한다검출되지 않았다 → 없다이건 너무 직관적이라의심하지 않게 된다.하지만 이 전제는proteomics에서 가장 위험한 착각 중 하나다.우리는 ‘존재’를 측정하지 않는다proteomics에서 우리가 실제로 측정하는 것은단백질 그 자체가 아니다.우리는peptide fragmention signaldetector response를 측정한다.그리고 그 신호를 기반으로단백질의 존재를 “추론”한다.즉,prote..