제약회사 연구원의 블로그

같은 단백질인데 왜 trypsin 상태 하나로 abundance가 달라질까Proteomics 데이터를 해석하다 보면 어느 순간부터 이상한 패턴이 눈에 들어오기 시작한다. 분명 biological replicate인데 특정 protein의 abundance만 유독 흔들리거나, 어떤 peptide는 consistently 낮게 검출되며, 특정 sample group에서만 fold change가 과장되어 나타나는 경우다. 처음에는 instrument variability를 의심하게 된다. LC gradient가 흔들렸나, spray stability에 문제가 있었나, ion suppression이 발생했나 같은 생각부터 하게 된다.하지만 raw peptide level 데이터를 계속 들여다보다 보면 문제는 의..

— 우리는 단백질을 보고 있는가, 아니면 시스템이 보여주는 일부를 해석하고 있는가처음 proteomics 데이터를 접하면이렇게 생각하기 쉽다.“이건 단백질의 목록이다”검출된 단백질 리스트,각각의 abundance 값,그리고 그 변화.모든 것이 명확해 보인다.그래서 자연스럽게 이렇게 이어진다.검출되었다 → 존재한다검출되지 않았다 → 없다이건 너무 직관적이라의심하지 않게 된다.하지만 이 전제는proteomics에서 가장 위험한 착각 중 하나다.우리는 ‘존재’를 측정하지 않는다proteomics에서 우리가 실제로 측정하는 것은단백질 그 자체가 아니다.우리는peptide fragmention signaldetector response를 측정한다.그리고 그 신호를 기반으로단백질의 존재를 “추론”한다.즉,prote..