제약회사 연구원의 블로그

— 우리는 펩타이드를 보는 것이 아니라, 부서진 조각을 해석하고 있다proteomics 데이터를 처음 접하면대부분은 이렇게 생각한다.“MS1에서 peptide를 잡고,MS/MS에서 확인하면 되는 거 아닌가?”이 말은 틀린 건 아니다.하지만 중요한 한 단계가 빠져 있다.👉 그 peptide는 우리가 직접 보는 것이 아니라,부서진 조각을 통해 ‘추론’하는 것이라는 점이다.그리고 그 조각을 어떻게 부수느냐가바로 fragmentation 조건이다.우리는 ‘존재’를 보는 것이 아니라 ‘패턴’을 본다MS/MS에서 얻는 것은완전한 구조 정보가 아니다.b-iony-ion일부 중성 손실noise이런 조각들이 섞인 스펙트럼이다.search algorithm은이 패턴을 보고👉 “이 peptide일 가능성이 높다”라고 판..

– LC-MS 기반 metabolomics 해석에서 가장 자주 발생하는 오해LC-MS 기반 metabolomics 데이터를 처음 분석하는 연구자들이 가장 자주 하는 질문 중 하나는 이것이다.“같은 m/z라면 같은 metabolite 아닌가요?”표면적으로 보면 이 질문은 매우 합리적으로 보인다. 질량분석기에서 측정되는 값은 mass-to-charge ratio(m/z)이기 때문에, 동일한 m/z가 검출된다면 동일한 분자를 의미할 것처럼 보이기 때문이다. 실제로 metabolomics 데이터 처리 과정에서도 feature는 보통 m/z와 retention time 조합으로 정의된다.하지만 실제 LC-MS 데이터 해석에서는 동일한 m/z 값이 완전히 다른 생물학적 의미를 가진 신호일 수 있다. 심지어 같은 샘..

MS를 다루는 사람이라면 누구나 비슷한 경험을 한 적이 있을 것이다.정량 분석은 비교적 빠르게 끝났는데, 보고서 마감은 계속 늦어지고 있다. 이유를 들여다보면 대부분 MS/MS 기반 정성 해석에서 막혀 있다. 주요 성분 하나는 구조가 명확한데, 그 주변에 따라붙은 여러 개의 minor peak들, retention time은 비슷하고 MS/MS는 그럴듯한데 딱 잘라 말할 수는 없는 애매한 스펙트럼들 때문이다.“이건 아마 이런 구조일 것 같다.”“여기서 methyl 하나 빠진 형태 같긴 한데…”보고서에는 결국 putative identification, tentatively assigned 같은 표현이 반복해서 등장한다.이 장면은 대사체 분석이든, 분해산물 분석이든, 불순물 분석이든 거의 비슷하다.MS/M..