제약회사 연구원의 블로그

같은 샘플인데 왜 연구자마다 전혀 다른 생물학을 발견할까Proteomics, Metabolomics, Lipidomics 연구를 처음 시작하는 사람들은 흔히 이렇게 생각한다.분석 결과는 샘플 안에 이미 존재하는 생물학적 정보를 보여주는 것이라고.즉 질병군과 대조군의 차이는 원래 존재하고 있었고, LC-MS/MS는 그것을 단순히 읽어내는 장비라고 생각한다.물론 어느 정도는 맞는 말이다.하지만 실제 Omics 연구를 오래 하다 보면 조금 불편한 사실을 발견하게 된다.우리가 얻는 결과는 샘플이 가진 정보만으로 결정되지 않는다.어떤 전처리(preprocessing)를 선택했는가에 따라 결과 자체가 달라질 수 있다.더 정확히 말하면, 같은 raw data를 가지고도 연구자마다 전혀 다른 생물학적 결론에 도달할 수..

— 우리는 샘플을 분석하는 것이 아니라, 이미 ‘가공된 결과’를 해석하고 있다처음 metabolomics 실험을 설계할 때많은 사람들이 이렇게 생각한다.“전처리는 그냥 준비 단계 아닌가?”단백질 제거하고추출하고정리해서 LC-MS에 넣는다분석의 핵심은LC-MS라고 믿는다.하지만 몇 번의 프로젝트를 지나고 나면이 생각은 완전히 바뀐다.같은 샘플을 사용했는데전처리 방법만 바꿨을 뿐인데결과가 완전히 달라지는 순간을 경험하기 때문이다.어떤 경우에는결론 자체가 뒤집힌다.그때 깨닫게 된다.문제는 분석이 아니라,이미 전처리에서 시작되었다는 것.1. 전처리는 ‘손실’과 ‘선택’의 과정이다전처리는 단순히 샘플을 정리하는 과정이 아니다.이건 본질적으로 두 가지를 동시에 수행한다.무엇을 남길 것인가무엇을 버릴 것인가즉,전처리..

“전처리는 기술이 아니라 전략이다”LC-MS/MS 기반 bioanalysis에서sample preparation은 흔히 이렇게 취급된다.“이미 정해진 루틴”“분석 전에 그냥 거치는 단계”“LC-MS 조건이 더 중요하다”그러나 실제 프로젝트 경험이 쌓일수록분석팀은 한 가지 사실을 뼈저리게 느낀다.문제가 생기는 지점의 70% 이상은LC나 MS가 아니라 sample preparation이다.Protein precipitation(PPT),Solid-phase extraction(SPE),Liquid–liquid extraction(LLE).이 세 가지 전처리 기법은교과서적으로는 장단점이 명확해 보이지만,실제 현장에서는 분석 목적에 따라 평가 기준이 완전히 달라진다.이 글에서는“어떤 전처리가 가장 좋은가?”가 ..

— 혈장, 전혈, 소변, 조직에서의 LC-MS/MS ion suppression 실무 가이드LC-MS/MS 기반 바이오애널리틱스에서 ion suppression (또는 enhancement) 은 정량 정확도와 재현성을 해치는 가장 흔한 문제 중 하나다. 같은 분석법을 서로 다른 matrix(혈장, 전혈, 소변, 조직)에 적용하면, matrix에 포함된 성분(지질, 단백질, 염류, 담즙산류, 대사물 등)이 이온화 효율에 미치는 영향이 달라져 같은 화합물이라도 정량 결과가 달라진다. 따라서 matrix별 ion suppression 특성을 체계적으로 비교하고, 그 결과를 바탕으로 분석법(전처리, internal standard 전략, chromatography, MS 설정 등)을 최적화하는 것은 제약사·CR..