제약회사 연구원의 블로그

— 더 선명하게 보는 것이 항상 더 정확한 것은 아닌 이유처음 장비 스펙을 볼 때많은 사람들이 자연스럽게 이렇게 생각합니다.“resolution이 높을수록 좋은 거 아닌가?”이건 틀린 말은 아닙니다.실제로 높은 resolution은 분명히 장점이 많습니다.peak를 더 잘 구분할 수 있고질량 정확도가 올라가고interference를 줄일 수 있습니다그래서 자연스럽게 이어집니다.“그럼 identification도 더 정확해지겠네”여기까지는 맞습니다.하지만 실제 데이터를 다뤄보면조금 다른 경험을 하게 됩니다.같은 샘플인데resolution을 높였더니 protein 수가 줄어들기도 하고반대로 늘어나기도 하고특정 peptide는 아예 사라지기도 합니다이건 단순한 성능 향상의 문제가 아닙니다.👉 무엇을 볼 수 ..

Metabolomics 해석에서 발생하는 ‘확신의 역설’ Metabolomics 연구를 수행하다 보면 연구자들은 자연스럽게 하나의 목표를 향해 달려가게 된다. 바로 metabolite identification 정확도를 최대한 높이는 것이다. LC-MS 기반 metabolomics 데이터는 수천에서 수만 개의 feature를 생성하고, 그 중 상당수는 이름이 붙지 않은 채 “unknown” 상태로 남는다. 이 때문에 많은 연구자들은 annotation 정확도를 높이고 가능한 많은 metabolite를 Level 1 혹은 Level 2 수준으로 식별하는 것을 연구의 핵심 목표로 설정한다.그러나 metabolomics 연구가 축적되면서 한 가지 흥미로운 현상이 반복적으로 관찰되기 시작했다. annotatio..

― 국내 제약사 분석팀을 위한 현실적 활용 전략과 workflow 비교1. 서론: 두 기기의 목적은 “서로 다르고”, 그래서 “서로 필요하다”신약 개발 과정에서 약물 분석팀은 항상 두 가지 요구 사이를 오가게 된다.하나는 정확한 농도 측정, 다른 하나는 약물이 어떤 형태로 변하는지 구조적으로 파악하는 것이다.그래서 대부분의 제약사 분석실에는 두 종류의 장비가 공존한다.HRMS(High Resolution Mass Spectrometry)→ Q-TOF, Orbitrap 등→ 정체를 알 수 없는 unknowns를 밝히는 장비Triple Quadrupole (Triple Quad, QqQ)→ TSQ, 6500+, 8060 등→ 정량을 위해 존재하는 장비이 둘은 가격도 다르고, 분석 속도도 다르고, 분석에서 수..