제약회사 연구원의 블로그

Proteomics에서 “정제 과정”이라고 믿었던 단계가 proteome 자체를 바꿔버리는 순간Proteomics workflow에서 protein precipitation은 너무 익숙한 과정이다. Acetone precipitation, methanol/chloroform precipitation, ethanol precipitation 같은 방법은 거의 기본 protocol처럼 사용된다. Detergent를 제거하고, buffer를 교체하고, unwanted contaminant를 정리하기 위해 많은 실험실이 precipitation 단계를 routine하게 넣는다.특히 SDS 같은 강한 detergent를 사용한 뒤에는 precipitation이 거의 필수처럼 여겨진다. 그렇지 않으면 downstr..

Proteomics에서 “깨끗한 샘플”이 오히려 데이터를 왜곡할 수도 있다Proteomics workflow를 처음 배우면 sample cleanup은 거의 필수 단계처럼 등장한다. Digestion 이후 남아 있는 salt, detergent, lipid, buffer component를 제거해야 LC-MS가 안정적으로 작동하기 때문이다. 실제로 cleanup 없이 sample을 바로 주입하면 spray instability가 발생하거나 ion suppression이 심해지고, column contamination과 sensitivity 저하 문제도 빠르게 나타난다.그래서 많은 사람들은 cleanup을 “좋은 데이터”를 만들기 위한 정리 과정처럼 생각한다. 불필요한 불순물을 제거하고 peptide만 남..