제약회사 연구원의 블로그

– 단백질 abundance와 대사 상태가 다른 방향을 가리킬 때 Multi-omics 연구를 진행하다 보면 자주 등장하는 상황이 있다. Proteomics 데이터와 metabolomics 데이터가 서로 다른 방향의 결과를 보여주는 경우이다.예를 들어 proteomics 분석에서는 특정 metabolic enzyme의 abundance가 증가한 것으로 나타났는데, metabolomics 데이터에서는 해당 pathway의 metabolite 농도가 거의 변하지 않거나 오히려 감소하는 경우가 나타날 수 있다. 반대로 metabolite 변화는 크게 나타나지만 관련 enzyme 단백질 수준에서는 뚜렷한 변화가 보이지 않는 경우도 있다.이러한 상황을 처음 접하면 연구자는 자연스럽게 데이터의 신뢰성부터 의심하게 ..

– 서로 다른 생물학적 층위가 다른 이야기를 할 때 Multi-omics 연구를 진행하다 보면 연구자들이 가장 당황하는 순간 중 하나가 있다. Transcriptomics 결과와 metabolomics 결과가 서로 다른 방향을 가리키는 상황이다.예를 들어 RNA-seq 분석에서는 특정 metabolic pathway 관련 유전자들이 강하게 up-regulated 되어 있는데, metabolomics 데이터에서는 해당 pathway의 metabolite 농도가 거의 변하지 않거나 오히려 감소하는 경우가 나타날 수 있다. 연구자는 자연스럽게 다음과 같은 질문을 던지게 된다.“둘 중 어느 데이터가 맞는 것일까?”하지만 실제 생물학에서는 이 질문 자체가 조금 잘못된 경우가 많다. transcriptomics와 ..